Das anfängliche Stiftungskapital von 8 Millionen Schweizerfranken, welches sich mittlerweile verdoppelt hat, stammte von privaten Geldgebern. Es handelt sich dabei um das Organisationskapital, mit welchem die Verwaltungsspesen grösstenteils finanziert werden. Die Projekte selbst werden von den verschiedenen Zustiftungen finanziert, welche von Donatoren errichtet und unterhalten werden. Zudem erhält die Limmat Stiftung auch zweckgebundene Spenden und Legate, sowie Projektbeiträge aus der öffentlichen Hand (Deza, aber auch über Joint Ventures Gelder aus Belgien, Österreich, Spanien und der EU).